Ubuntu+python将nii图像保存成png格式


Posted in Python onJuly 18, 2019

这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法:

系统:Ubuntu 16.04

软件: python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
 
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件(其实是提取文件)
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
 
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数,获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量)
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
 
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序,保存为图像

不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。

以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持三水点靠木。

Python 相关文章推荐
Python中列表(list)操作方法汇总
Aug 18 Python
Python求两个list的差集、交集与并集的方法
Nov 01 Python
Python中的urllib模块使用详解
Jul 07 Python
python中文分词教程之前向最大正向匹配算法详解
Nov 02 Python
深入理解Python分布式爬虫原理
Nov 23 Python
python3+PyQt5使用数据库表视图
Apr 24 Python
解决Pycharm下面出现No R interpreter defined的问题
Oct 29 Python
Python学习笔记之列表和成员运算符及列表相关方法详解
Aug 22 Python
python opencv 实现对图像边缘扩充
Jan 19 Python
通俗易懂了解Python装饰器原理
Sep 17 Python
Django自带用户认证系统使用方法解析
Nov 12 Python
python通过cython加密代码
Dec 11 Python
python实现批量nii文件转换为png图像
Jul 18 #Python
django 捕获异常和日志系统过程详解
Jul 18 #Python
Django实现发送邮件功能
Jul 18 #Python
使用django的ORM框架按月统计近一年内的数据方法
Jul 18 #Python
Django框架之登录后自定义跳转页面的实现方法
Jul 18 #Python
django页面跳转问题及注意事项
Jul 18 #Python
django框架模板语言使用方法详解
Jul 18 #Python
You might like
Php+SqlServer实现分页显示
2006/10/09 PHP
有关PHP中MVC的开发经验分享
2012/05/17 PHP
执行、获取远程代码返回:file_get_contents 超时处理的问题详解
2013/06/25 PHP
在js文件中如何获取basePath处理js路径问题
2013/07/10 Javascript
js实现商城星星评分的效果
2015/12/29 Javascript
JavaScript常用数组算法小结
2016/02/13 Javascript
JavaScript代码生成PDF文件的方法
2016/02/26 Javascript
JS触发服务器控件的单击事件(详解)
2016/08/06 Javascript
AngularJs Managing Service Dependencies详解
2016/09/02 Javascript
DOM 事件的深入浅出(一)
2016/12/05 Javascript
js定时器实例分享
2016/12/20 Javascript
javascript prototype原型详解(比较基础)
2016/12/26 Javascript
Angular之指令Directive用法详解
2017/03/01 Javascript
Avalonjs双向数据绑定与监听的实例代码
2017/06/23 Javascript
微信小程序实现团购或秒杀批量倒计时
2020/11/01 Javascript
vue-image-crop基于Vue的移动端图片裁剪组件示例
2018/08/28 Javascript
QML实现圆环颜色选择器
2019/09/25 Javascript
Python 条件判断的缩写方法
2008/09/06 Python
python基础教程之简单入门说明(变量和控制语言使用方法)
2014/03/25 Python
Python常用小技巧总结
2015/06/01 Python
深入讲解Python函数中参数的使用及默认参数的陷阱
2016/03/13 Python
Python实现ssh批量登录并执行命令
2016/10/25 Python
Python3编码问题 Unicode utf-8 bytes互转方法
2018/10/26 Python
python实现超级马里奥
2020/03/18 Python
简单了解Java Netty Reactor三种线程模型
2020/04/26 Python
python实现按键精灵找色点击功能教程,使用pywin32和Pillow库
2020/06/04 Python
一文轻松掌握python语言命名规范规则
2020/06/18 Python
python 字符串的驻留机制及优缺点
2020/06/19 Python
Anaconda使用IDLE的实现示例
2020/09/23 Python
浅谈基于HTML5的在线视频播放方案
2016/02/18 HTML / CSS
工厂实习感言
2014/01/14 职场文书
六年级数学教学反思
2014/02/03 职场文书
个人承诺书
2014/03/26 职场文书
担保书范本
2015/01/20 职场文书
MySQL8.0.24版本Release Note的一些改进点
2021/04/22 MySQL
pytorch实现加载保存查看checkpoint文件
2022/07/15 Python