Ubuntu+python将nii图像保存成png格式


Posted in Python onJuly 18, 2019

这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法:

系统:Ubuntu 16.04

软件: python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
 
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件(其实是提取文件)
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
 
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数,获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量)
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
 
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序,保存为图像

不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。

以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持三水点靠木。

Python 相关文章推荐
python实现模拟按键,自动翻页看u17漫画
Mar 17 Python
Python中用altzone()方法处理时区的教程
May 22 Python
在SAE上部署Python的Django框架的一些问题汇总
May 30 Python
jupyter安装小结
Mar 13 Python
python实现内存监控系统
Mar 07 Python
Python的argparse库使用详解
Oct 09 Python
pandas删除指定行详解
Apr 04 Python
Python中bisect的用法及示例详解
Jul 20 Python
python进度条显示-tqmd模块的实现示例
Aug 23 Python
Python下使用Trackbar实现绘图板
Oct 27 Python
python tkinter实现连连看游戏
Nov 16 Python
python热力图实现简单方法
Jan 29 Python
python实现批量nii文件转换为png图像
Jul 18 #Python
django 捕获异常和日志系统过程详解
Jul 18 #Python
Django实现发送邮件功能
Jul 18 #Python
使用django的ORM框架按月统计近一年内的数据方法
Jul 18 #Python
Django框架之登录后自定义跳转页面的实现方法
Jul 18 #Python
django页面跳转问题及注意事项
Jul 18 #Python
django框架模板语言使用方法详解
Jul 18 #Python
You might like
基于PHP创建Cookie数组的详解
2013/07/03 PHP
PHP制作3D扇形统计图以及对图片进行缩放操作实例
2014/10/23 PHP
用PHP代码给图片加水印
2015/07/01 PHP
PHP用mb_string函数库处理与windows相关中文字符及Win环境下开启PHP Mb_String方法
2015/11/11 PHP
PHP检测数据类型的几种方法(总结)
2017/03/04 PHP
Add Formatted Data to a Spreadsheet
2007/06/12 Javascript
JS OOP包机制,类创建的方法定义
2009/11/02 Javascript
JS验证控制输入中英文字节长度(input、textarea等)具体实例
2013/06/21 Javascript
javascript使用isNaN()函数判断变量是否为数字
2013/09/21 Javascript
利用JQuery制作符合Web标准的QQ弹出消息
2014/01/14 Javascript
从零学JS之你需要了解的几本书
2014/05/19 Javascript
js函数内变量的作用域分析
2015/01/12 Javascript
jQuery mobile的header和footer在点击屏幕的时候消失的解决办法
2016/07/01 Javascript
jquery过滤特殊字符',防sql注入的实现方法
2016/08/17 Javascript
JS常用倒计时代码实例总结
2017/02/07 Javascript
jquery滚动条插件slimScroll使用方法
2017/02/09 Javascript
vue.js实现单选框、复选框和下拉框示例
2017/07/18 Javascript
在Vue中使用echarts的方法
2018/02/05 Javascript
Vue中div contenteditable 的光标定位方法
2018/08/25 Javascript
JS函数内部属性之arguments和this实例解析
2018/10/07 Javascript
vue中使用GraphQL的实例代码
2019/11/04 Javascript
原生js实现贪食蛇小游戏的思路详解
2019/11/26 Javascript
微信小程序实现自定义底部导航
2020/11/18 Javascript
[47:06]DOTA2上海特级锦标赛主赛事日 - 4 败者组第五轮 MVP.Phx VS EG第一局
2016/03/05 DOTA
二种python发送邮件实例讲解(python发邮件附件可以使用email模块实现)
2013/12/03 Python
Python实现读取json文件到excel表
2017/11/18 Python
使用Python通过win32 COM实现Word文档的写入与保存方法
2018/05/08 Python
python使用RNN实现文本分类
2018/05/24 Python
对python判断ip是否可达的实例详解
2019/01/31 Python
Python3网络爬虫开发实战之极验滑动验证码的识别
2019/08/02 Python
战友聚会邀请函
2014/01/18 职场文书
白酒市场营销方案
2014/02/25 职场文书
秋天的雨教学反思
2014/04/27 职场文书
学习型党组织建设经验材料
2014/05/26 职场文书
2015年办公室主任工作总结
2015/04/09 职场文书
mysql配置SSL证书登录的实现
2021/09/04 MySQL