编程 Python

Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

Posted in Python onJune 21, 2015

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
"""
import os

"""
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）
批处理
将pdb文件生成dssp文件

"""
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
  #将字符串用变量表示
  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
  #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名
  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
  #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%
  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

- Author -

junjie

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