.img/.hdr格式转.nii格式的操作


Posted in Python onJuly 01, 2020

MATLAB转格式,需要使用spm package(https://github.com/neurodebian/spm12).

%%img2nii.m--------------------------------------------
%Script to convert hdr/img files to nii.
%This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.
%Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014
 
%select files
f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');
 
%convert img files to nii
for i=1:size(f,1)
 input = deblank(f(i,:));
 [pathstr,fname,ext] = fileparts(input);
 output = strcat(fname,'.nii');
 V=spm_vol(input);
 ima=spm_read_vols(V);
 V.fname=output;
 spm_write_vol(V,ima);
end

附加一下volume data是如何转surface data的吧…

wb_command -volume-to-surface-mapping ArticParcels_Smithetal.nii /home/murphyhuang/tmp/nii/HCP_fMRI/Q1-Q6_R440.L.flat.32k_fs_LR.surf.gii outL.shape.gii -trilinear

补充知识:数据读取——(.img .hdr)

1、定义

该图像格式含有两部分:一个是图像 ‘.img ',另一个是图像头文件 '.hdr',该文件记录了图像的信息,如图像尺寸、波段数、数据类型和大小端等。如果缺少头文件,将无法对图像进行读取,因此头文件十分重要。

2、读取

使用Matlab中NifTi包读取。

eg:

img=load_nii(‘D:\a01_101_bmask.hdr')

.img/.hdr格式转.nii格式的操作

以上这篇.img/.hdr格式转.nii格式的操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持三水点靠木。

Python 相关文章推荐
python使用递归解决全排列数字示例
Feb 11 Python
Python描述器descriptor详解
Feb 03 Python
Python获取网页上图片下载地址的方法
Mar 11 Python
动态规划之矩阵连乘问题Python实现方法
Nov 27 Python
Python读取txt某几列绘图的方法
Oct 14 Python
Python使用ctypes调用C/C++的方法
Jan 29 Python
python循环定时中断执行某一段程序的实例
Jun 29 Python
win8.1安装Python 2.7版环境图文详解
Jul 01 Python
对Django项目中的ORM映射与模糊查询的使用详解
Jul 18 Python
Python3.7 读取 mp3 音频文件生成波形图效果
Nov 05 Python
Python爬取腾讯视频评论的思路详解
Dec 19 Python
Python import模块的缓存问题解决方案
Jun 02 Python
ITK 实现多张图像转成单个nii.gz或mha文件案例
Jul 01 #Python
Python环境管理virtualenv&virtualenvwrapper的配置详解
Jul 01 #Python
读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
Jul 01 #Python
使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例
Jul 01 #Python
使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作
Jul 01 #Python
python 读取.nii格式图像实例
Jul 01 #Python
使用npy转image图像并保存的实例
Jul 01 #Python
You might like
php 发送带附件邮件示例
2014/01/23 PHP
ThinkPHP5 框架引入 Go AOP,PHP AOP编程项目详解
2020/05/12 PHP
jquery获得下拉框值的代码
2011/08/13 Javascript
动态加载script文件的两种方法
2013/08/15 Javascript
JQuery中form验证出错信息的查看方法
2013/10/08 Javascript
JS实现根据出生年月计算年龄
2014/01/10 Javascript
基于jQuery实现表单提交验证
2014/11/24 Javascript
node.js中的path.sep方法使用说明
2014/12/08 Javascript
移动设备web开发首选框架:zeptojs介绍
2015/01/29 Javascript
jquery通过load获取文件的内容并跳到锚点的方法
2015/01/29 Javascript
JavaScript中String.prototype用法实例
2015/05/20 Javascript
jQuery实现checkbox全选的方法
2015/06/10 Javascript
第四章之BootStrap表单与图片
2016/04/25 Javascript
jstree创建无限分级树的方法【基于ajax动态创建子节点】
2016/10/25 Javascript
Extjs gridpanel 中的checkbox(复选框)根据某行的条件不能选中的解决方法
2017/02/17 Javascript
AngularJS中table表格基本操作示例
2017/10/10 Javascript
ES6中数组array新增方法实例总结
2017/11/07 Javascript
React Native 使用Fetch发送网络请求的示例代码
2017/12/02 Javascript
Bootstrap 模态框多次显示后台提交多次BUG的解决方法
2017/12/26 Javascript
深入理解Node module模块
2018/03/26 Javascript
Vue 实现从文件中获取文本信息的方法详解
2019/10/16 Javascript
Vue实现base64编码图片间的切换功能
2019/12/04 Javascript
Vuex实现数据共享的方法
2019/12/20 Javascript
[52:08]DOTA2上海特级锦标赛主赛事日 - 3 败者组第三轮#2Fnatic VS OG第一局
2016/03/05 DOTA
详解Python自建logging模块
2018/01/29 Python
Python 使用with上下文实现计时功能
2018/03/09 Python
通过Python编写一个简单登录功能过程解析
2019/09/04 Python
python实现两个字典合并,两个list合并
2019/12/02 Python
python如何实现不用装饰器实现登陆器小程序
2019/12/14 Python
HTML5实现桌面通知 提示功能
2017/10/11 HTML / CSS
html5实现滑块功能之type="range"属性
2020/02/18 HTML / CSS
size?德国官方网站:英国伦敦的球鞋精品店
2018/03/17 全球购物
Linux内核产生并发的原因
2016/11/08 面试题
遗嘱公证书标准样本
2014/04/08 职场文书
简易离婚协议书范本
2014/10/24 职场文书
2014幼儿园班主任工作总结
2014/12/04 职场文书